北京基因组所(国家生物信息中心)宣布原核生物泛基因组数据库ProPan
相比于古板的比较基因组学剖析,泛基因组学为开展物种基因组动力学、分类及鉴定、致病性和情况适应等研究提供了新的视角。
近日,pg电子官网(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心开发的原核生物泛基因组数据库(ProPan)正式上线,旨在提供多物种的基因组动力学特征,为物种要害抗性和代谢相关基因鉴定及其演化纪律研究提供重要的数据资源。该研究结果以“ProPan: a comprehensive database for profiling prokaryotic pan-genome dynamics”为题在国际学术期刊Nucleic Acid Research 在线宣布。
ProPan不但剖析了多个原核生物物种的基因组动力学特征,还进行了基因簇核苷酸多样性盘算、COG功效富集剖析、31个要害代谢循环历程及图谱构建、126种物质(包括杀菌剂、抗菌药物和金属)抗性基因预测和基因保存/缺失变异剖析等。目前,ProPan共收集了432个属的1504个物种(23个古细菌物种,1481个细菌物种)的51,882个基因组(295个古细菌基因组,51587个细菌基因组)和182867222个基因簇。用户可以以物种作为基本单位,进行数据的浏览、搜索和下载。
pg电子官网(国家生物信息中心)特别研究助理张亚东及博士研究生张好为本文配合第一作者,张哲文助理研究员和肖景发研究员为配合通讯作者。本事情获得pg电子官网战略性先导研究计划、国家自然科学基金、国家重点研发计划等项目资助。
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ProPan数据库浏览、搜索及剖析展示
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