北京基因组所开发长非编码RNA数据库LncBook
近日，由基因组所开发的人类长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）数据库LncBook正式上线。该项研究结果以“LncBook: a curated knowledgebase of human long non-coding RNAs”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线宣布。
近年来，有关lncRNA的研究一直是国际热点，研究标明，lncRNA在多种生物历程中发挥了重要作用并与疾病的爆发密切相关，但lncRNA的注释信息及质量仍远远落后于卵白编码基因。LncBook数据库不但提供了富厚的高质量人类lncRNA数据集，还进行了大规模的多组学数据剖析，以及系统的功效与疾病注释，为功效实验研究及生物信息学剖析提供了大宗可用信息与数据。
基于严格的审编标准，LncBook整合已有lncRNA数据并鉴定新的lncRNA，共获得270,044个lncRNA转录本。在此基础上，LncBook在lncRNA表达、甲基化、变异、miRNA-lncRNA相互作用这些多组学层面进行大规模深条理的数据剖析。在表达层面，绘制lncRNA在32或者53种正凡人类组织中的表达图谱，并鉴定出49,115个高度组织特异（tissue-specific）和819个持家（housekeeping） lncRNA；在甲基化层面，构建lncRNA在9种癌症中正常与癌症状态下的promoter及body区的甲基化图谱；在变异层面，基于dbSNP数据库SNP位点注释lncRNA区域92,725,757个SNP最小等位频率（基于千人基因组数据）、ClinVar与COSMIC疾病关联信息；预测了128,392,451个lncRNA-miRNA的相互作用条目。上述的结果以图或表的形式展示在LncBook数据库中，相关信息均可免费下载�；谝陨鲜�，LncBook还预测了97,998个潜在的疾病关联lncRNA。别的，在LncRNAWiki的基础上LncBook对1,867个文献报道lncRNA进行了系统的功效与疾病信息注释。
LncBook作为重要的lncRNA资源库，提供了目前为止数据量最为富厚的人类lncRNA数据。作为LncRNAWiki数据库的增补，LncBook具备友好的盘问、浏览与可视化功效。用户可通过ID／symbol、功效、疾病名称等检索lncRNA信息，浏览指定lncRNA的多组学信息，并通过ftp下载所有相关注释信息与剖析结果。别的，LncBook还提供了可用于lncRNA序列比对、分类、编码能力预测等研究的工具，便当在线剖析。
该研究与沙特阿卜杜拉国王科技大学（King Abdullah University of Science & Technology，KAUST）Vladimir Bajic教授相助开展。研究获得了pg电子官网战略性先导科技专项、pg电子官网国际同伴计划、pg电子官网“十三五”信息化专项等基金资助。
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