GPB2013年第2期内容简介
2013年第2期Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB）纸质版期刊已经出书，共宣布文章7篇，包括5篇研究性文章和2篇应用说明，以卵白质组学领域的研究为主。
在孟德尔疾病样本中，信息理论的要领已被证实能灵敏和特异地预测和定量非编码区突变。Peter Rogan博士等 (加拿大) 开发了一款扫描全基因组突变位点并准确探测到与mRNA剪切相关突变的软件，并用三个癌变细胞系验证了软件的灵敏性。
在鸟枪法卵白质组学中，数据库搜索算法依赖于碎裂模型（fragmentation model）去预测在给定肽段序列中可视察到的片段离子。David Tabb博士等人(美国)开发的Basophile模型在盘算电荷数时将片段巨细和主要氨基酸的孝敬加权考虑在内，能准确预测肽段序列中差别片段所带电荷。该模型通过一个有序回归方程解决预测中的问题，使得这个历程越发简便快捷，并且此程序可在鸟枪法卵白组学鉴定中应用于任何一个数据库检索软件。
通常，使用碰撞诱导解离功效的串联质谱（CIDMS2）数据中的卵白序列检测是通过卵白数据库搜索（PDS）将已确定的肽离子重新比对到卵白序列上完成的，而在CID MS2数据中找到一个目标肽段序列大多离不开人工的估算。Igor Chernukhin博士（英国）开发了一种简洁的跨平台且不依赖于数据库的肽段MS2模式匹配实用工具——pepgrep,将种种翻译后修饰（PTM）引起的数十种质量偏差整合到算法中，并使用了诱饵肽序列以减少假阳性结果。同时，使用这种要领我们可以在CID质谱中发明PDS算法错过的新肽段。该工具使用便当，可在http://bsproteomics.essex.ac.uk:8080/data/download/pepgrep-1.4.tgz.免费下载。
NXS/T基序（X是除脯氨酸外的任意氨基酸）是糖基化的一致基序。大宗的高区分率糖基化卵白晶体结构使科研事情者进行N-糖基化位点结构剖析。Raja Mazumder博士等人(美国)开发了一款基于Python语言的工具SFAT对人，小鼠，果蝇，拟南芥和酿酒酵母五个物种的N-糖基化的天冬酰胺进行剖析，并把剖析数据放在网站上供免费下载（http://hive.biochemistry.gwu.edu/tools/sfat）。同时Raja Mazumder还在本期宣布了一篇应用说明介绍了他们新开发的页面工具SNVDis。SNVDis可在全卵白质组水平上剖析和预测功效位点、结构域和通路上的非同义单核苷酸突变(nsSNV)，其基本数据每三个月更新一次，SNVDis可在http://hive.biochemistry.gwu.edu/tool/snvdis免费使用。
肝脏和胰腺的慢性炎症均与纤维化有关。证据标明器官特异性星形细胞加入这两个器官的调理。Paulo和Steen博士等人领导的研究组(美国)使用质谱卵白质组学剖析了人肝星状细胞（hHSC）的卵白质组和人胰腺星状细胞（hPaSC）来探讨病理生理机制。研究对1222个的卵白质进行量化，统计剖析确定177种卵白在hHSC品貌较高，而157种在hPaSC高品貌表达。GO分类标明，hHSC中具相对高品貌的卵白质主要与卵白质合成有关，而那些在hPaSC中相对品貌较高的卵白加入了细胞的结构组成。
已往几十年中，人们在卵白质的氨基酸序列如何形成三维结构执行特定功效方面进行了大宗研究。在非冗余序列数据库进行的子序列研究为理解卵白序列和功效之间的关系提供了名贵线索。Selvaraj博士等人（印度）在前期研究的基础上对八肽片段的反向序列结构进行了剖析。研究发明含有相同反向八肽序列的卵白含量并不富厚，八肽中的氨基酸对卵白的稳定关系不大。别的，相同的反向八肽并没有泛起出一致的物理和几何特性。
GPB将在今年6月出书“基因调控网络”专刊。另外，下半年出书的“诱导多能干细胞”的专刊，由中科院动物所的周琪博士担当Guest editor，目前在征集来稿�＝哟魅嘶陡�，详情请检察Call for paper。
以上文章全文可在GPB主页（http://www.elsevier.com/locate/gpb）或ScienceDirect数据库（www.sciencedirect.com/science/journal/16720229）中浏览下载，接待各人阅读、引用。
附：本期目录
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