基因组所人类全基因组关联剖析国际相助研究获重大进展
日前，中科院北京基因组研究所重大疾病基因组与个体化医疗实验室偏向东研究员，项目组助理研究员渠鸿竹博士等开展的国际相助研究“人类疾病全基因组关联剖析研究”获得重大进展，相关研究结果《Systematic Localization of Common Disease-Associated Variation in Regulatory DNA》于2012年9月在《Science》杂志宣布。本研究进一步接纳新一代高通量测序技术，在表观基因组水平上开展全基因组关联剖析(Genome-wide association study; GWAS)研究，并且在该研究领域取得了新的进展。
渠鸿竹博士和华盛顿大学美国国立卫生研究院西北注释表观基因组绘图中心(Northwest Reference Epigenome Mapping Center，NIH)主任、华盛顿大学基因组学系副教授John A. Stamatoyannopoulis博士所领导实验室的研究人员，通太过析人类349种细胞和组织样本的全基因组DNase I图谱与已有的GWAS SNPs数据，发明约93％的与疾病和性状相关的SNPs位于非编码序列内，并且集中在DNase I高敏感位点区域(DHSs)。88％含有SNP的DHSs保存于胎儿发育阶段，并且在这些DHSs内的SNPs与妊娠袒露相关表型(gestational exposure-related phenotypes)有关。别的，与含有SNP的DHS密切相关的远距离靶基因(绝大大都基因距离该DHSs凌驾100 kb)行使的功效与同一SNP相关的疾病表型相类似，该联系拓展了在基因组水平疾病与性状之间的关联性，同时提供了一个潜在的致病基因库来解释这种关联性。93.2%DHSs内部的疾病相关SNPs同时位于转录因子识别序列内，并影响了局部的染色质结构。这些转录因子进一步形成庞大的网络系统，调控与疾病相关的基因表达。此项研究突破性地从表观基因组水平进行GWAS剖析，并在系统生物学理论的指导下，通过统合的生物信息学剖析战略，从而建立疾病与生物学性状之间关联性的调控网络模型，为剖析人类常见疾病与基因性状之间的相互关系提供了崭新的科学视角和有利的研究工具。
全基因组关联剖析(GWAS)的主要目的是在人类全基因组规模内寻找与疾病相关的序列变异，即单核苷酸多态性(SNP)。GWAS研究在某种疾病患者的全基因组规模内检测出SNP位点并与比照组人群进行比较，筛选所有的变异等位基因频率，制止了象候选基因战略一样需要预先假设致病基因，从而为庞大疾病的发病机制研究提供了更多的线索。
文章链接：http://www.sciencemag.org/content/337/6099/1190
图：与血小板数量相关的GWAS SNP与222 kb 以外的JAK2基因相关联
