基因组所开发“编码卵白质DNA序列并行比对工具—ParaAT”
pg电子官网基因组科学与信息重点实验室章张研究员，领导其团队乐成开发“编码卵白质DNA序列并行比对工具—ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation）”,该研究结果宣布在Biochemical and Biophysical Research Communications杂志 。
同源序列比对是生物信息学普遍接纳的剖析要领之一，其中，编码卵白质DNA序列比对最为常见，在比较基因组学、分子进化学、系统发育等领域具有重要的基础作用 。为获取相应的比对结果，通常接纳的要领是先比对后回译（back-translate），此要领比直接进行DNA序列比对更可靠、准确 。然而，现有相关的工具每次只能处理一组同源序列，无法实现多组同源序列的比对事情 。
鉴于古板工具所爆发的毛病，基因组所科研人员接纳并行盘算（Parallel Computing）战略开发ParaAT，实现了多组同源编码卵白质DNA序列的并行比对 。经验证，ParaAT可大大降低运行时间，获得较好的并行加速比（speedup），因此，适合大规模、同源序列的比对事情 。
ParaAT可在差别操作系统下运行，支持多种差别的输特别式，便当后续相关的生物信息学剖析（诸如：用于检测自然选择压力的KaKs_Calculator） 。
文章链接：http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2012.02.101
软件链接：http://cbb.big.ac.cn/software
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