超等杂交水稻（LYP9）及其亲本（93-11和PA64s）成熟胚表达谱剖析文章宣布
2008年11月 ，中科院北京基因组研究所基因组科学及信息重点实验室研究结果 ，“Transcriptomic profiling of mature embryo from an elite super-hybrid rice LYP9 and its parental lines”论文在《BMC plant biology》杂志上宣布 。
水稻是一种重要的粮食作物 ，同时也是谷物研究的一种重要的模式生物 。多年来 ，基因组所以超等杂交水稻（LYP9）及其亲本（93-11和PA64s）为模式开展了一系列全基因组水平上的杂交优势相关研究 。作为所立异集体研究项目的一部分 ，该实验室以水稻的成熟胚为质料 ，开展了相关研究 。成熟胚在水稻的生命周期中具有重要的职位：它是发育到一定阶段、拥有完整植株的营养器官雏形并且发育同步化的植物幼体 ，普遍认为其已经为后续的发育涤讪了物质基础 ，并且有研究标明拥有杂交优势性状的F1在较早的胚的阶段就能体现出一些优势的性状 。为了充分展示水稻成熟胚中基因的表达情况 ，了解其中的分子生物学历程以及鉴定在这一阶段体现出的杂交优势性状和相关基因 ，我们以LYP9及其怙恃本的成熟胚为质料 ，利用EST剖析的手段对其转录组进行了研究 。
科研人员对每个样品随机测序（5’端）约一万条 ，一共获得27 ，566条高质量的EST序列 ，并最终获得7 ，557条unigene（2,511条contig和5,046条singleton） 。通过与公共数据库内的序列进行比对 ，总共注释了7 ，250（95.9%）个基因 。通过基因表达品貌和功效剖析（主要是GO和KAAS） ，对其基因表达谱特征有了全面的认识：成熟胚中特征性表达的基因集中在两大功效类——抗逆和发育 。大宗的、种类全面的抗逆相关基因表达 ，包括抗水胁迫 ，抗氧化损伤 ，抗真菌等 ，同时 ，包管种子重新活化以及之后的快速启动和后期发育所需的基因也大宗表达 。这与种子要在相当长的时间内、在完全干燥的情况下坚持抽芽能力的生理特点十分切合 。通过比较剖析杂交水稻（F1）相对其怙恃本转录组基因表达水平的变革 ，鉴定出191个统计学上显著的差别表达基因 ，对他们的表达模式和功效进行剖析的结果标明：这些差别表达基因险些笼罩了所有的表达模式 ，种种模式的差别表达基因有很洪流平上的功效上的相关性 ；大部分在成熟胚中特异性积累的基因在子代中体现为上调 ，而表达量比较低的基因更多的体现为下调 ，使子代拥有一个更强的抗逆系统以及更有活力的后期发育 。而这种组织特征性功效的增强在对其他组织的杂交优势相关研究中也有发明 ，可能是杂交优势爆发的原因之一 。
相关结果在 ，《BMC plant biology》上宣布
BMC Plant Biol. 2008; 8: 114.
Published online 2008 November 11. doi: 10.1186/1471-2229-8-114.
Ge X, Chen W, Song S, Wang W, Hu S, Yu J.
Transcriptomic profiling of mature embryo from an elite super-hybrid rice LYP9 and its parental lines
全文链接：http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi.artid=2596138
重点实验室 葛晓萌
