国家生物信息中心相助研发基因编辑动物新发突变数据库VDGE
基因编辑动物在生物科学和医学研究中发挥着至关重要的作用，并且在农业领域展现出巨大的实际应用潜力。随着基因编辑技术的迅猛生长，基因编辑动物的数量在已往十年间急速增长� ？蒲Ы缭嚼丛焦刈⒒虮嗉低扯陨锘蜃榈挠跋旒盎虮嗉镏锌赡芊浩鸬男路⑼槐湮侍�。然而，目前仍然缺乏对基因编辑动物数据的整理、汇总以及标准化剖析，限制了研究人员深入挖掘和利用这些数据。
10月29日，国家生物信息中心赵文明团队、昆明动物研究所王国栋研究组、遗传与发育生物学研究所张永清研究组联合，以“VDGE: a data repository of variation database for gene-edited animals across multiple species为题在Nucleic Acids Research?期刊宣布论文，从实验室的基因编辑猴和基因编辑犬出发，同时收集、整理并剖析了目前具有家系全基因组数据的相关数据集，构建了基因编辑动物新发突变数据库VDGE，首次实现了对基因编辑动物新发突变的标准化剖析、整合和展示，为相关数据的深入挖掘和充分利用提供了一个综合的信息平台。
VDGE包括6个要害� ？�，划分是物种（Species），家系（Animal trios），样本（Samples），目标突变（On-target mutations），以及变异（Variations）和相关基因（Genes）。VDGE目前的数据主体来源于具有家系全基因组测序数据的相关数据集，涵盖了恒河猴、食蟹猴和犬等物种的107个动物家系，174个全基因组测序样本，56个目标突变，115,710个变异及12,708个相关基因。除此之外，VDGE还整合了部分缺乏全基因组测序数据的基因编辑猪和犬，以及它们的相关目标突变信息。未来，VDGE将进一步整合更多的基因编辑物种及多种类型的变异数据，为领域内的研究人员提供越发全面和多样化的数据资源平台。
国家生物信息中心赵文明正高级工程师、昆明动物研究所王国栋研究员、遗传与发育生物学研究所张永清研究员为该论文的配合通讯作者。遗传与发育生物学研究所事情人员石文文、国家生物信息中心博士生金恩慧、遗传与发育生物学研究所数据中心方璐为该论文的配合第一作者。该研究获得科技立异2030项目、国家重点研发计划、中科院先导专项和春城计划等基金项目资助。
VDGE数据库构建流程及内容展示
论文链接
